La creación de Belgrano Cargas y Logística es consecuencia de un decreto del 2008, con el cual se dio por terminada la concesión que desde fines de la década del 90 tenía la empresa Belgrano Cargas Sociedad Anónima sobre el Ferrocarril General Belgrano.

La fiebre privatizadora de los 90 se inició con las líneas de cargas en las que se identificaron seis subsistemas a ser concesionados por 30 años mediante licitación pública internacional bajo el concepto de concesión integral.

Esto es, el concesionario debía tomar a su cargo el conjunto de las actividades ferroviarios: comercialización, operación, mantenimiento y también, la rehabilitación del material rodante y la infraestructura.

Las concesiones realizadas entonces fueron las siguientes:

• Nuevo Central Argentino S.A. (4.752 km), que conecta Buenos Aires con Rosario, Santa Fe, Córdoba, Tucumán, Río IV y Santiago del Estero (La Banda);

• América Latina Logística Central S.A. (Ex Buenos Aires al Pacífico S.A). (5.254 km), que enlaza Buenos Aires con Junín, Rufino, San Luis, Mendoza, San Juan, San Rafael y accede al puerto de Rosario;

• Ferrosur Roca S.A. (3.377 km), que comunica Buenos Aires con Necochea-Quequén, Tandil, Olavarría, Bahía Blanca, Neuquén y Zapala;

• Ferroexpreso Pampeano S.A. (5.094 km), que conecta a los puertos del complejo San Martín-Rosario con Bahía Blanca por medio de dos líneas troncales y varios ramales;

• América Latina Logística Mesopotámica S.A. (Ex Ferrocarril Mesopotámico S.A). (2.704 km), que enlaza Buenos Aires con Rojas, Concordia, Paraná, Paso de los Libres, Monte Caseros, Corrientes y Posadas;

• Belgrano Cargas S.A. (7.347 km), que comunica Buenos Aires con Rosario, Santa Fe, Córdoba, Resistencia, Salta, Jujuy, Tucumán, Catamarca, San Juan y Mendoza, y la localidad de Salta con Formosa.

En el año 2008 se originó una denuncia contra la empresa privada que concesionaba el Belgrano Cargas, señalando que no rendía cuentas de los 2000 millones de pesos recibidos en carácter de subsidios.

En ese entonces, la Sociedad Operativa Ferroviaria estaba integrada por SIDECO del Grupo Macri a través de Franco Macri y la aceitera china Sanhe Hopefull.

Según se dijo en ese momento, la Auditoría General de la Nación detectó buena parte de las irregularidades de la empresa privada comprobando que se habían rendido cuentas presentando facturas emitidas por proveedores que eran empleados de las propias empresas privadas que administraban en ese entonces el Belgrano Cargas.

En el mes de junio de 2013, el Estado argentino rescindió los contratos de concesión con la empresa brasileña América Latina Logística (ALL), recuperando para sí la administración de la totalidad de los Ferrocarril General Urquiza y General San Martín con exclusión de la zona urbana del Gran Buenos Aires, así como un pequeño sector del Ferrocarril Sarmiento que también formaba parte de la concesión de ALL.

La decisión estuvo motivada por los graves incumplimientos de la empresa concesionaria, que según la Auditoría General de la Nación "era la empresa que peor cuida el mantenimiento y las condiciones de seguridad y cuenta con escaso personal idóneo abocado a las tareas".

A partir de un decreto de la entonces presidenta Cristina Fernández de Kirchner, el estado se hizo cargo de la explotación integral de la red carguera del Ferrocarril General Belgrano, hasta entonces concesionada a Belgrano Cargas SA.

También asumió la explotación de la carga de los ferrocarriles General Urquiza, General San Martín y una sección del Sarmiento, en reemplazo de la concesionaria ALL y a partir del 1 de noviembre de 2021 lo mismo con la totalidad restante del Sarmiento, General Bartolomé Mitre y General Roca reemplazando a FEPSA, NCA y Ferrosur Roca.​

La gestión integral de los mismos fue también encomendada a Belgrano Cargas y Logística, que era una sociedad anónima, cuyos principales accionistas fueron tres Sociedades del Estado: Trenes Argentinos Infraestructura, Trenes Argentinos Operaciones y la Administración General de Puertos (AGP).​

Las tres líneas que manejaba la empresa contaban en ese momento con 88 locomotoras y 4650 vagones para recorrer 9344 km de vías en 17 provincias. De esa infraestructura gran parte, tras el fin de la concesión privada, estaba en mal estado y requería una inversión urgente.

Desde mayo de 2013 se hicieron 400 kilómetros nuevos de vías y se repararon cerca de 400 vagones, con financiamiento aportado por el Estado y en el 2015, llegaron los primeros 151 vagones del Ferrocarril Belgrano Cargas comprados a China, de un total de 3500, que incluían entre otros, Tolvas para cereal y carboneros para transportar el coque que requiere YPF. ​

En 2015, ya con el gobierno de Mauricio Macri, se anunció el Plan Belgrano con el objetivo de renovar 1500 km de vías e incorporar material rodante.

En 2016 se transformó la empresa estatal en Trenes Argentinos Cargas y en el 2020 se inauguraron las obras de renovación de vías en la provincia de Salta, donde se completaron 255 kilómetros con mejoras de la infraestructura de los ramales C, C18, C8 y C12.

En total, hasta fines del 2023 se habían renovado 900 kilómetros de vías del Ferrocarril Belgrano en las provincias de Salta, Santiago del Estero, Tucumán, Chaco y Santa Fe, incorporándose a la flota de material rodante 40 nuevas locomotoras y 1000 vagones nuevos.​

En 2024, con la aprobación de la Ley de Bases y Puntos de Partida para la Libertad de los Argentinos la empresa fue sujeta a privatización, cuyo proceso finalmente dio comienzo ahora y que seguramente tendrá oferentes interesados porque se trata de un servicio que puede ser rentable con un sistema de vías en gran medida renovado.