El Sudamericano Sub-20 desarrollado en Colombia fue el detonante para el precipitado final de su primera experiencia como director técnico, ya que no logró avanzar a la segunda etapa del torneo que se jugó entre el 19 de enero y el 12 de febrero. De ese modo, se quedó sin la Copa del Mundo que se jugará en Indonesia, del 20 de mayo al 11 de junio de este año.

Además, esta pobre labor dejó a la Argentina fuera de los Juegos Panamericanos de Santiago que se disputarán del 20 de octubre al 5 de noviembre.

Después de la derrota frente a Colombia por 1 a 0 en el estadio Pascual Guerrero de Cali, que implicó no clasificar para el hexagonal final del Sudamericano, la primera medida de Mascherano fue dejar un cargo para el que siente que no estuvo a la altura.

Públicamente admitió no ser merecedor de una nueva oportunidad, y que el castigo por sus errores era la renuncia: "No hay demasiado que pensar. Obviamente, sí agradecer a todos. Al presidente -Claudio Tapia-, por la oportunidad. A los clubes, porque siempre nos han dado una mano, nos han dado los jugadores; los hemos molestado mucho durante todo el año, inclusive ahora, durante toda la preparación"

"No tengo mucho por decir: no hay excusas. Acá el que falló soy yo y tengo que hacerme cargo", enfatizó el ex jugador de River y Barcelona, entre otros clubes.

Sin embargo, el presidente de la AFA respaldó la continuidad del entrenador: "Es el camino que hemos elegido y el camino que queremos andar todos. Seguiremos sembrando para cosechar".

Finalmente, Mascherano decidió dar un paso al costado y su trabajo duró poco más de un año. A principios de 2021 fue presentado como director del Departamento de Metodología y Desarrollo, un programa amplio e integral para las selecciones masculinas y femeninas. En diciembre de ese mismo año, fue anunciado como el reemplazo de Fernando Batista.